Indonesia Tingkatkan Penggunaan WGS, Inilah Perbedaan Dengan PCR
Whole Genome Sequencing (WGS) akan menjadi metode pencegahan Covid-19 yang semakin ditingkat di Indonesia. Hal ini disampaikan Menteri Kesehatan (Menkes), Budi Gunadi Sadikin, dalam konferensi pers virtual di YouTube Kementerian Kesehatan.
Baca Juga : Omicron Masuk, Pemerintah Bahas Kebijakan Khusus Saat Nataru Hari Ini (doctortool.id)
“Kami tingkatkan persentase WGS dari seluruh kasus konfirmasi yang terjadi, rencananya WGS akan kami naikkan 10 persen, sehingga pemeriksaannya akan lebih cepat,” ujar Budi Gunadi, Kamis (16/12/2021).
Metode ini telah dilakukan sejak mutasi Covid-19 menyebar di Inggris pada Maret 2021 lalu. Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan Kemenkes, dr Slamet, MHP, mengatakan upaya 3T (Testing, Tracing, Treatment) terus dilakukan.
“Temuan ini menunjukkan kemampuan dan kapasitas dari laboratorium Balitbangkes dalam melakukan metode Whole Genome Sequencing (WGS),“ ujar dr Slamet.
dr Slamet juga menjelaskan kegiatan WGS ini merupakan bagian dari kegiatan surveilans genom virus SARS-COV-2 yang telah dilakukan sejak virus ini masuk ke Indonesia.
“Data hasil pemeriksaan genom ini diunggah ke repository Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID),” tambahnya, dikutip dari laman Kemenkes.
Lalu, apa itu metode Whole Genome Sequencing (WGS)? Simak penjelasan berikut.
Whole-genome sequencing (WGS) adalah metode komprehensif untuk menganalisis seluruh genom, dikutip dari illumina.com. Metode ini telah berperan dalam mengidentifikasi kelainan bawaan, mengkarakterisasi mutasi yang mendorong perkembangan kanker, dan melacak wabah penyakit. Keunggulan dari metode ini adalah kemampuan untuk menghasilkan data dalam jumlah besar dengan pengurutan genom manusia, sehingga dapat melihat varian virus. Pengurutan seluruh genom merupakan alat yang ampuh untuk penelitian genomik.
Selain itu, sifat fleksibel dan skalabel dari teknologi pengurutan generasi berikutnya (NGS) membuat metode ini juga berguna untuk mengurutkan spesies apapun, misalnya ternak, tanaman, atau mikroba terkait penyakit yang penting secara pertanian. WGS dapat memberikan data yang lebih rinci dan tepat untuk mengidentifikasi wabah dibandingkan dengan teknik standar yang saat ini digunakan, dikutip dari cdv.gov. Dengan menggunakan pengurutan seluruh genom, temuan terbaru menunjukkan beberapa bakteri yang tampak berbeda sebenarnya berasal dari sumber yang sama.
WGS telah membantu mengidentifikasi varian bakteri dan virus lebih cepat. Pengurutan seluruh genom adalah cara yang cepat dan terjangkau untuk mendapatkan informasi detail tentang bakteri hanya dengan satu tes. Saat ini, proses untuk mengidentifikasi bakteri dan virus menggunakan WGS akan sangat meningkatkan efisiensi serta melakukan pengawasan infeksi.
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Menurut informasi dari laman genome.gov, Polymerase chain reaction (PCR) adalah teknik laboratorium yang digunakan untuk mengamplifikasi sekuens DNA. Metode ini melibatkan penggunaan sekuens DNA pendek yang disebut primer untuk memilih bagian genom yang akan diamplifikasi. Penggunaan metode ini yaitu dengan cara suhu sampel dinaikkan dan diturunkan berulang kali untuk membantu enzim replikasi DNA menyalin urutan DNA target. Teknik ini dapat menghasilkan satu miliar salinan urutan target hanya dalam beberapa jam. Sayangnya, metode PCR tidak dapat mendeteksi varian lain Covid-19 yang kemungkinan masih akan mengalami mutasi. Sehingga, metode ampuh saat ini untuk mendeteksi infeksi varian Covid-19 Omicron adalah WGS.